Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 WBP2-213ENST00000590221 1745 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 RAB34-203ENST00000395243 1597 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 SLC25A3-211ENST00000548847 1369 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 TMEM243-201ENST00000257637 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 NPY-202ENST00000405982 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 AC011445.1-201ENST00000601911 877 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 CFAP46-201ENST00000368585 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 GTF3A-201ENST00000381140 1383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 Z83844.2-201ENST00000456099 1945 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC20.37■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 EEF1A2-202ENST00000298049 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 NMU-205ENST00000511469 756 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 KAZN-209ENST00000636564 1197 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 NTMT1-209ENST00000611055 1562 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 AL445686.2-201ENST00000577528 1445 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 YBX1P10-201ENST00000444752 975 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 AC132938.3-201ENST00000579095 357 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 TMEM230-207ENST00000379286 1735 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
COL4A3Q01955 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC20.34■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms