Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 DNAJC27-AS1-204ENST00000428614 780 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ANKRD2-201ENST00000298808 1350 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 PPP1R36-201ENST00000298705 1405 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 WNT7B-204ENST00000410089 2202 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 BID-204ENST00000399767 2129 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 MMP28-201ENST00000605424 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ENGASE-205ENST00000579016 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ZGPAT-203ENST00000357119 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 TMEM109-202ENST00000536171 1959 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 RGS3-232ENST00000620489 1503 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 SSR1-204ENST00000474597 1808 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 NRM-203ENST00000376421 1734 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms