Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 ZSCAN1-201ENST00000282326 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 COL9A3-201ENST00000343916 2485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ADAD1-202ENST00000388724 1912 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 PIGQ-206ENST00000422307 2052 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SSH1-209ENST00000551165 2354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 CDK13-207ENST00000613626 3099 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 ADAP2-201ENST00000330889 2934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 LDHAL6A-202ENST00000396213 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 KCNC3-203ENST00000477616 3176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 FAM110A-204ENST00000381941 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
CCDC42Q96M95 AC009237.14-201ENST00000609975 1594 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 GALNT10-201ENST00000297107 5961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 FAM57B-204ENST00000564806 1710 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 RAD23A-203ENST00000586534 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 MOB3C-202ENST00000319928 2822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 STRBP-201ENST00000348403 3337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PSMD8-201ENST00000215071 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 RND1-201ENST00000309739 1681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ACVR1C-201ENST00000243349 8994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 TIGD6-202ENST00000515406 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 SLC11A2-208ENST00000546743 1740 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 MEN1-208ENST00000394374 3155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 KRT8P17-201ENST00000453110 1448 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PPM1L-204ENST00000497343 1589 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 FHL1-219ENST00000618438 2178 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC42Q96M95 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms