Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
HOXC9P31274 ACOT2-205ENST00000622407 1604 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 RNH1-203ENST00000397604 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AP006587.1-201ENST00000534129 1502 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 KANK3-205ENST00000610351 1191 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 WASH6P-203ENST00000460206 1826 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 MFSD10-201ENST00000329687 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 TFP1-202ENST00000475455 1573 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 KDM2B-217ENST00000543852 1188 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 MRPL23-AS1-201ENST00000419080 1876 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 BSCL2-207ENST00000407022 1516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 UBE2B-201ENST00000265339 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 COQ10B-203ENST00000409398 879 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 ABBA01031674.1-201ENST00000635145 728 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 HEMK1-206ENST00000455834 1499 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 STK25-204ENST00000405585 1643 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.54■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC007161.3-201ENST00000469183 637 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC005363.2-201ENST00000618631 242 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 HOXA11-AS-205ENST00000522863 1723 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 GALNT16-204ENST00000553669 1629 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 CEMP1-202ENST00000567119 1374 ntAPPRIS P2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
HOXC9P31274 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
HOXC9P31274 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms