Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS28Q9UK41 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS28Q9UK41 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC26.51■■□□□ 1.84
VPS28Q9UK41 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
VPS28Q9UK41 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
VPS28Q9UK41 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms