Protein–RNA interactions for Protein: Q9H400

LIME1, Lck-interacting transmembrane adapter 1, humanhuman

Predictions only

Length 295 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIME1Q9H400 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
LIME1Q9H400 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
LIME1Q9H400 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIME1Q9H400 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
LIME1Q9H400 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
LIME1Q9H400 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms