Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC33.32■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC33.32■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC33.32■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.31■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC33.3■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.29■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.27■■■□□ 2.92
CHMP4AQ9BY43 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.22■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.21■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC33.21■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
CHMP4AQ9BY43 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC33.19■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC33.18■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC33.16■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
CHMP4AQ9BY43 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC33.13■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.12■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.1■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.1■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC33.08■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC33.08■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.08■■■□□ 2.89
CHMP4AQ9BY43 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.07■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC33.07■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC33.06■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC33.06■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC33.06■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.04■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.03■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC33.03■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
CHMP4AQ9BY43 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC33.01■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC33.01■■■□□ 2.87
CHMP4AQ9BY43 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.6 ms