Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
HLA-CQ95604 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
HLA-CQ95604 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
HLA-CQ95604 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC27.57■■■□□ 2
HLA-CQ95604 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC27.57■■■□□ 2
HLA-CQ95604 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
HLA-CQ95604 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC27.56■■■□□ 2
HLA-CQ95604 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HLA-CQ95604 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HLA-CQ95604 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HLA-CQ95604 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
HLA-CQ95604 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
HLA-CQ95604 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
HLA-CQ95604 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
HLA-CQ95604 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
HLA-CQ95604 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HLA-CQ95604 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HLA-CQ95604 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.99
HLA-CQ95604 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.39■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
HLA-CQ95604 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
HLA-CQ95604 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
HLA-CQ95604 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HLA-CQ95604 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
HLA-CQ95604 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms