Protein–RNA interactions for Protein: Q01081

U2AF1, Splicing factor U2AF 35 kDa subunit, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 240 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
U2AF1Q01081 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.046e-8■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.856e-8■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 XBP1-204ENST00000405219 1690 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.426e-8■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 XBP1-206ENST00000484256 2173 ntTSL 215.72■□□□□ 0.116e-8■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 PELP1-213ENST00000575101 442 ntTSL 325.56■■□□□ 1.683e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 PELP1-204ENST00000570571 902 ntTSL 322.15■■□□□ 1.143e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.823e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 PELP1-214ENST00000575329 3280 ntTSL 219.36■□□□□ 0.693e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 PELP1-212ENST00000574876 3465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.513e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 PELP1-211ENST00000573523 3878 ntTSL 217.71■□□□□ 0.433e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 PELP1-202ENST00000436683 3524 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.423e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 PELP1-201ENST00000301396 3673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.353e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 CMIP-202ENST00000537098 4357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.213e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 MON2-212ENST00000552115 3760 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.123e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 CMIP-203ENST00000539778 3937 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.083e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 CMIP-211ENST00000621537 4000 ntTSL 5 BASIC14.41□□□□□ -0.13e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 RAD54L-202ENST00000442598 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.11□□□□□ -0.313e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 RAD54L-201ENST00000371975 3108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.493e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 PELP1-203ENST00000570387 567 ntTSL 511.46□□□□□ -0.573e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 RAD54L-207ENST00000473251 834 ntTSL 310.88□□□□□ -0.673e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 ABCC4-204ENST00000474158 697 ntTSL 210.4□□□□□ -0.743e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 RAD54L-208ENST00000476687 574 ntTSL 29.74□□□□□ -0.853e-9■■■■■ 31.7
U2AF1Q01081 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.748e-9■■■■■ 31.6
U2AF1Q01081 HECTD1-213ENST00000556224 3267 ntTSL 517.45■□□□□ 0.388e-9■■■■■ 31.6
U2AF1Q01081 HECTD1-219ENST00000611816 8980 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.258e-9■■■■■ 31.6
U2AF1Q01081 HECTD1-203ENST00000553700 9080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.118e-9■■■■■ 31.6
U2AF1Q01081 HECTD1-206ENST00000554471 819 ntTSL 27.14□□□□□ -1.278e-9■■■■■ 31.6
U2AF1Q01081 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.323e-8■■■■■ 31.5
U2AF1Q01081 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.773e-8■■■■■ 31.5
U2AF1Q01081 CNST-204ENST00000483271 2767 ntTSL 219.84■□□□□ 0.773e-8■■■■■ 31.5
U2AF1Q01081 ITIH2-205ENST00000477751 591 ntTSL 23.98□□□□□ -1.773e-10■■■■■ 31.4
U2AF1Q01081 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.928e-36■■■■■ 31.4
U2AF1Q01081 AGO3-202ENST00000324350 1726 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.558e-36■■■■■ 31.4
U2AF1Q01081 AGO3-207ENST00000634486 3599 ntTSL 519.46■□□□□ 0.718e-36■■■■■ 31.4
U2AF1Q01081 AGO3-201ENST00000246314 3211 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.488e-36■■■■■ 31.4
U2AF1Q01081 AGO3-203ENST00000373191 19687 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.69□□□□□ -1.348e-36■■■■■ 31.4
U2AF1Q01081 EIF4A1-207ENST00000578324 1577 ntTSL 521.04■□□□□ 0.962e-8■■■■■ 31.3
U2AF1Q01081 EIF4A1-228ENST00000583389 951 ntTSL 319.42■□□□□ 0.72e-8■■■■■ 31.3
U2AF1Q01081 EIF4A1-235ENST00000584860 1109 ntTSL 318.36■□□□□ 0.532e-8■■■■■ 31.3
U2AF1Q01081 EIF4A1-227ENST00000583217 599 ntTSL 212.35□□□□□ -0.432e-8■■■■■ 31.3
U2AF1Q01081 EIF4A1-210ENST00000578569 583 ntTSL 28.76□□□□□ -1.012e-8■■■■■ 31.3
U2AF1Q01081 EIF4A1-204ENST00000577731 574 ntTSL 24.13□□□□□ -1.752e-8■■■■■ 31.3
U2AF1Q01081 G6PC-201ENST00000253801 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.48□□□□□ -1.052e-8■■■■■ 31.2
U2AF1Q01081 ENPP1-201ENST00000360971 7442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.134e-6■■■■■ 31.1
U2AF1Q01081 GABRE-202ENST00000417300 619 ntTSL 215.7■□□□□ 0.18e-7■■■■■ 31
U2AF1Q01081 DNHD1-220ENST00000534210 2867 ntTSL 1 (best)18.83■□□□□ 0.613e-6■■■■■ 31
U2AF1Q01081 DNHD1-216ENST00000532027 4881 ntTSL 214.43□□□□□ -0.13e-6■■■■■ 31
U2AF1Q01081 DNHD1-212ENST00000527990 14298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.91□□□□□ -1.143e-6■■■■■ 31
U2AF1Q01081 DNHD1-201ENST00000254579 14862 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.6□□□□□ -1.193e-6■■■■■ 31
U2AF1Q01081 GIPR-204ENST00000588816 709 ntTSL 521.63■■□□□ 1.055e-9■■■■■ 30.9
U2AF1Q01081 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.875e-9■■■■■ 30.9
U2AF1Q01081 WDR1-203ENST00000382452 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.685e-9■■■■■ 30.9
U2AF1Q01081 PTPRVP-205ENST00000641549 5067 ntBASIC17.21■□□□□ 0.355e-9■■■■■ 30.9
U2AF1Q01081 WDR1-204ENST00000499869 3054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.79□□□□□ -0.045e-9■■■■■ 30.9
U2AF1Q01081 PTPRVP-201ENST00000482597 3999 ntTSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.385e-9■■■■■ 30.9
U2AF1Q01081 THEM7P-201ENST00000419556 672 ntBASIC8.66□□□□□ -1.025e-9■■■■■ 30.9
U2AF1Q01081 ZCCHC7-206ENST00000488607 884 ntTSL 27.89□□□□□ -1.155e-9■■■■■ 30.9
U2AF1Q01081 LUC7L3-217ENST00000510984 505 ntTSL 321.53■■□□□ 1.043e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 ZC3H7A-205ENST00000571198 2343 ntTSL 220.32■□□□□ 0.843e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 LUC7L3-212ENST00000508045 1112 ntTSL 1 (best)19.79■□□□□ 0.763e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 LUC7L3-206ENST00000504563 840 ntTSL 519.11■□□□□ 0.653e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 LUC7L3-207ENST00000505619 658 ntTSL 317.3■□□□□ 0.363e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 LUC7L3-213ENST00000508218 533 ntTSL 216.44■□□□□ 0.223e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 LUC7L3-215ENST00000509335 582 ntTSL 216.12■□□□□ 0.173e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 RCL1-208ENST00000448872 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.133e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MTF2-202ENST00000370303 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.133e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MTF2-204ENST00000468457 1038 ntTSL 514.99□□□□□ -0.013e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 RCL1-202ENST00000381730 801 ntTSL 3 BASIC14.54□□□□□ -0.083e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 ZC3H7A-212ENST00000575041 780 ntTSL 514.37□□□□□ -0.113e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 ZC3H7A-217ENST00000576247 480 ntTSL 213.17□□□□□ -0.33e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 ZC3H7A-207ENST00000571676 859 ntTSL 213.17□□□□□ -0.33e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 ZC3H7A-201ENST00000355758 3825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.383e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MTF2-213ENST00000540243 3845 ntTSL 2 BASIC12.19□□□□□ -0.463e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MTF2-201ENST00000370298 4125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.553e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MTF2-214ENST00000545708 4046 ntTSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.563e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MCM8-203ENST00000378886 3835 ntTSL 1 (best) BASIC11.53□□□□□ -0.563e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 RCL1-201ENST00000381728 758 ntTSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.573e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MCM8-204ENST00000378896 3769 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.593e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MCM8-202ENST00000378883 3574 ntTSL 1 (best) BASIC10.57□□□□□ -0.723e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MCM8-205ENST00000610722 7486 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC10.36□□□□□ -0.753e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 TRRAP-205ENST00000456197 11654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best)9.28□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 TRRAP-202ENST00000359863 12677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.96□□□□□ -0.973e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 TRRAP-207ENST00000628380 12644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC8.87□□□□□ -0.993e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 TRRAP-201ENST00000355540 12590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.62□□□□□ -1.033e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 SPAG5-204ENST00000577259 651 ntTSL 38.46□□□□□ -1.062e-15■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MCM8-201ENST00000265187 3442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.44□□□□□ -1.063e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MTF2-205ENST00000471953 1937 ntTSL 27.99□□□□□ -1.133e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 ZC3H7A-215ENST00000576009 986 ntTSL 37.75□□□□□ -1.173e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 KDM6A-205ENST00000433797 4324 ntTSL 1 (best)7.66□□□□□ -1.183e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MTF2-203ENST00000467953 1870 ntTSL 1 (best)7.62□□□□□ -1.193e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 TRRAP-204ENST00000446306 12492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.52□□□□□ -1.213e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 KDM6A-209ENST00000484732 640 ntTSL 27.4□□□□□ -1.223e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MTF2-206ENST00000473430 760 ntTSL 56.98□□□□□ -1.293e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 KDM6A-203ENST00000414389 4189 ntTSL 56.11□□□□□ -1.433e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 LUC7L3-221ENST00000513025 594 ntTSL 35.87□□□□□ -1.473e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 ZC3H7A-202ENST00000396516 3845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.61□□□□□ -1.513e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 KDM6A-210ENST00000485072 382 ntTSL 55.2□□□□□ -1.583e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 LUC7L3-210ENST00000507200 510 ntTSL 44.97□□□□□ -1.613e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 LUC7L3-211ENST00000507503 561 ntTSL 24.91□□□□□ -1.623e-8■■■■■ 30.6
U2AF1Q01081 MTF2-212ENST00000497976 760 ntTSL 54.9□□□□□ -1.633e-8■■■■■ 30.6
Retrieved 100 of 10,096 protein–RNA pairs in 33.6 ms