Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
NPHP4O75161 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC37.82■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.81■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC37.8■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC37.77■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
NPHP4O75161 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC37.74■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC37.74■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC37.74■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC37.74■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC37.73■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.72■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC37.7■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC37.7■■■■□ 3.63
NPHP4O75161 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC37.69■■■■□ 3.62
NPHP4O75161 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC37.68■■■■□ 3.62
NPHP4O75161 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC37.67■■■■□ 3.62
NPHP4O75161 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.66■■■■□ 3.62
NPHP4O75161 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC37.66■■■■□ 3.62
NPHP4O75161 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC37.65■■■■□ 3.62
NPHP4O75161 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.64■■■■□ 3.62
NPHP4O75161 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
NPHP4O75161 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC37.63■■■■□ 3.61
NPHP4O75161 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC37.63■■■■□ 3.61
NPHP4O75161 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC37.62■■■■□ 3.61
NPHP4O75161 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
NPHP4O75161 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
NPHP4O75161 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC37.6■■■■□ 3.61
NPHP4O75161 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC37.6■■■■□ 3.61
NPHP4O75161 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC37.6■■■■□ 3.61
NPHP4O75161 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC37.55■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.54■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.53■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.53■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.53■■■■□ 3.6
NPHP4O75161 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC37.51■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC37.51■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC37.5■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC37.5■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC37.5■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC37.5■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC37.48■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.48■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.47■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC37.47■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.47■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.47■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC37.46■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC37.46■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC37.45■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC37.45■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC37.45■■■■□ 3.59
NPHP4O75161 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.44■■■■□ 3.58
NPHP4O75161 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
NPHP4O75161 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC37.43■■■■□ 3.58
NPHP4O75161 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC37.43■■■■□ 3.58
NPHP4O75161 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC37.4■■■■□ 3.58
NPHP4O75161 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.4■■■■□ 3.58
NPHP4O75161 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.37■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC37.37■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.36■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.34■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC37.34■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.34■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC37.33■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC37.33■■■■□ 3.57
NPHP4O75161 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.56
NPHP4O75161 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.56
NPHP4O75161 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.32■■■■□ 3.56
NPHP4O75161 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
NPHP4O75161 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
NPHP4O75161 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
NPHP4O75161 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
NPHP4O75161 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.3■■■■□ 3.56
NPHP4O75161 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.29■■■■□ 3.56
NPHP4O75161 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.28■■■■□ 3.56
NPHP4O75161 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC37.28■■■■□ 3.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms