Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 GRAMD2B-219ENST00000544396 2822 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 GRK2-201ENST00000308595 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 UMOD-203ENST00000396138 2399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 GOLPH3-201ENST00000265070 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 PNMA8B-202ENST00000599531 5308 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CCDC39Q9UFE4 SNX4-201ENST00000251775 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 TBXA2R-201ENST00000375190 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 BZW1-202ENST00000409226 2455 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 KIF22-201ENST00000160827 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CCDC39Q9UFE4 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC23■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms