Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 TTBK1-202ENST00000304139 2449 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 TREX2-206ENST00000370232 1864 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 MOK-225ENST00000522867 1883 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 ESX1-201ENST00000372588 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 USP25-202ENST00000285681 5216 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 MTMR14-201ENST00000296003 2494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 HAGHL-213ENST00000564545 663 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 KRT16P6-202ENST00000425692 1426 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 DMAP1-202ENST00000361745 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 RGMA-208ENST00000556658 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 RAB34-201ENST00000301043 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 SMYD2-201ENST00000366957 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
CCDC140Q96MF4 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 KIAA1456-201ENST00000400069 1982 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 TOR1A-201ENST00000351698 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 BCKDK-202ENST00000287507 1907 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 SCUBE1-201ENST00000290460 2258 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 CAMLG-202ENST00000514518 895 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC140Q96MF4 PDLIM5-205ENST00000380180 2020 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.8 ms