Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

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Length 385 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.03■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 SNORA78-201ENST00000459373 127 ntBASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 FP475955.1-201ENST00000624937 553 ntTSL 4 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
SMARCB1Q12824 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 DKK3-203ENST00000525493 1326 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 LGALS9C-212ENST00000583322 1602 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 AC116351.2-201ENST00000606540 1585 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 C1QBP-201ENST00000225698 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 SLC35A3-222ENST00000640715 1989 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 PTPRCAP-201ENST00000326294 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SMARCB1Q12824 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms