Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SUMO2-203ENST00000578238 490 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 MCRIP1-201ENST00000455127 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 VMO1-201ENST00000328739 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CCT7-202ENST00000398422 1234 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 C7orf50-201ENST00000357429 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CCNO-201ENST00000282572 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 CSF1-203ENST00000369801 1364 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
COL4A3Q01955 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 PRR31-201ENST00000371629 978 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 C1QL1P1-201ENST00000568105 661 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 MAF1-201ENST00000322428 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 LY6E-214ENST00000522971 857 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
COL4A3Q01955 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms