Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 ADAM33-202ENST00000356518 3677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.09■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 KCNA3-201ENST00000369769 2569 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
HOXD4P09016 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC023632.3-201ENST00000521633 145 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AL024498.1-202ENST00000606652 480 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 GATAD1-201ENST00000287957 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 COPS9-201ENST00000307266 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
HOXD4P09016 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms