Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 DND1-201ENST00000542735 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC239809.2-201ENST00000415381 517 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN14-209ENST00000481124 808 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 CAVIN3-203ENST00000530979 957 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
CHMP3Q9Y3E7 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 MFSD10-211ENST00000514800 1776 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 ASPHD1-201ENST00000308748 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 ETV2-202ENST00000379026 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
CHMP3Q9Y3E7 CTU2-210ENST00000567949 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.6 ms