Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 PODNL1-203ENST00000538371 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 RABEPK-204ENST00000394125 1466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 B3GAT3P1-201ENST00000471720 806 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 NDUFS6-201ENST00000274137 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 PPP1R14BP5-201ENST00000440334 435 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 C19orf25-206ENST00000588849 1472 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 CKS1B-203ENST00000368439 912 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 MYC-208ENST00000641036 567 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 TWF2-203ENST00000499914 1440 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 SOX15-201ENST00000250055 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 SMAGP-206ENST00000604188 433 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 REPIN1-210ENST00000482680 1029 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 PSMD8-210ENST00000620216 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SHANK3Q9BYB0 AL445675.2-201ENST00000620291 557 ntBASIC26.08■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 SLC6A6-208ENST00000621751 1252 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 PPARG-202ENST00000309576 1870 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 IKBKB-210ENST00000518983 447 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 EPOR-208ENST00000592375 2086 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SHANK3Q9BYB0 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms