Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 FLCN-203ENST00000389169 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 C5orf17-202ENST00000512559 1984 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 MTUS2-202ENST00000380808 1793 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 CLN3-205ENST00000359984 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 WDR74-202ENST00000311713 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 FAM66B-201ENST00000529456 1432 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 UBAP1-204ENST00000625521 2029 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 ACTR8-202ENST00000482349 2091 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 KIAA0895L-206ENST00000563902 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AKR7A3-201ENST00000361640 1710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AC084032.1-201ENST00000552324 578 ntTSL 4 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 EML2-AS1-202ENST00000591087 838 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 KLHL31-202ENST00000407079 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AC073912.1-201ENST00000546264 587 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 CD37-204ENST00000535669 1674 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 RNF224-201ENST00000445101 1798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 SERBP1-201ENST00000361219 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
VAMP4O75379 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.5 ms