Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 FAM3A-203ENST00000369641 1359 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 CPNE9-205ENST00000613455 1742 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 RTL8A-201ENST00000370775 1244 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AC100839.1-201ENST00000559589 577 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AC009093.4-201ENST00000567984 561 ntTSL 4 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TMEM218-213ENST00000531909 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 NAE1-203ENST00000379463 1909 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 PDLIM2-221ENST00000622702 1490 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 RALGPS1-204ENST00000373436 1667 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TMEM235-204ENST00000551068 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 FITM1-202ENST00000559294 800 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 SYNGR4-202ENST00000595322 533 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 ZNF821-211ENST00000564134 1748 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.68
CCDC87Q9NVE4 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 WISP2-201ENST00000190983 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 KRT8P20-201ENST00000423953 1409 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 NDUFB10-201ENST00000268668 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 LINC00636-201ENST00000494231 1264 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 USP46-AS1-201ENST00000503051 1048 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 LINC02361-201ENST00000538731 1484 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 NAPSB-206ENST00000562112 1266 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC87Q9NVE4 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.4 ms