Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 AC133681.1-201ENST00000465482 601 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 LINC00654-202ENST00000589201 579 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4AQ9BY43 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 PNKP-214ENST00000600573 1602 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 PRDM11-201ENST00000424263 1858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 GPRC5C-204ENST00000392629 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ETV7-206ENST00000615781 1776 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 TSEN15-203ENST00000423085 1743 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL5-202ENST00000377332 2165 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 EPHA5-AS1-202ENST00000509473 1177 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AC007786.1-201ENST00000587859 709 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 ANKRD2-202ENST00000307518 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 MED26-207ENST00000611692 1444 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 CALM3-202ENST00000391918 702 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 GNB5-211ENST00000560116 918 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 B4GALNT1-213ENST00000552350 1649 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 BABAM1-208ENST00000598188 1470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CHMP4AQ9BY43 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CHMP4AQ9BY43 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.2 ms