Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AMDHD1-201ENST00000266736 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ANXA8-208ENST00000611843 2174 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 HAPLN4-201ENST00000291481 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MORF4L1-201ENST00000331268 2359 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 TEAD2-202ENST00000377214 2440 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 EEPD1-201ENST00000242108 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ZNF211-204ENST00000347302 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 ZNF692-204ENST00000451251 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 PGS1-201ENST00000262764 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 CPEB1-214ENST00000617522 2220 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
RPUSD4Q96CM3 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 BCL2-203ENST00000589955 5011 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 KAT5-203ENST00000377046 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 MED25-201ENST00000312865 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 CEP78-201ENST00000277082 2542 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SLC3A2-206ENST00000535296 2084 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PPP5C-202ENST00000391919 1929 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 GJB6-204ENST00000400066 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AKAP8L-201ENST00000397410 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 PRKAG2-203ENST00000418337 2318 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
RPUSD4Q96CM3 NFE2L1-204ENST00000536222 2172 ntTSL 2 BASIC15.88■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms