Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 NRG2-204ENST00000358522 2559 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 GLG1-214ENST00000627032 2147 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 FOXI1-202ENST00000449804 2011 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS53Q5VIR6 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 KREMEN2-202ENST00000319500 1882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 NTN5-201ENST00000270235 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 ARID4B-203ENST00000366603 5946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MTMR12-203ENST00000382142 5187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 STAU2-229ENST00000524300 3065 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS53Q5VIR6 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms