Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 SRMS-201ENST00000217188 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 TSGA10IP-203ENST00000532620 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 MIR1302-2HG-202ENST00000473358 712 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 AC140725.1-202ENST00000561145 712 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC21.14■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.98
COL6A3P12111 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 AC004951.3-201ENST00000418645 1148 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 ATP6V0E1-204ENST00000519911 718 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 ANKRD20A18P-201ENST00000359341 492 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PMVK-201ENST00000368467 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 UQCRQ-201ENST00000378665 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 FDX2-206ENST00000492239 773 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 HSD17B10-201ENST00000168216 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 KRT16-201ENST00000301653 1644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 HOXA6-201ENST00000222728 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 CCK-201ENST00000334681 830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PNKP-224ENST00000631020 1545 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 SMN1-209ENST00000514951 1308 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 AL441883.1-201ENST00000566170 1045 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 NTMT1-203ENST00000372483 1315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 AGER-207ENST00000375076 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 RNASEH2C-203ENST00000528220 1337 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 MALL-203ENST00000427178 1070 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 SAAL1-204ENST00000529318 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A3P12111 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms