Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
LIMCH1Q9UPQ0 WT1-212ENST00000640146 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 WISP2-202ENST00000372865 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ST6GALNAC6-215ENST00000542456 2018 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 PRPS1-203ENST00000372428 1748 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 TEX45-201ENST00000361664 1679 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 TRMU-201ENST00000290846 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ACOT2-204ENST00000613168 1553 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 DVL3-203ENST00000431765 2294 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC011511.1-201ENST00000452032 1956 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 OGG1-217ENST00000449570 1948 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 MAN1B1-AS1-201ENST00000596585 1872 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 STIM2-211ENST00000639195 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 RNF32-208ENST00000432459 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 ACY1-215ENST00000636358 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
LIMCH1Q9UPQ0 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms