Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
DDX28Q9NUL7 AQP11-201ENST00000313578 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC18.33■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 FIGNL2-202ENST00000618634 4812 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 NAAA-201ENST00000286733 1900 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ATXN2-227ENST00000616825 4575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 HTRA3-201ENST00000307358 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 NFIB-208ENST00000397581 3318 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 RUNX1-207ENST00000437180 5967 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 FARP1-242ENST00000627049 5103 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
DDX28Q9NUL7 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24 ms