Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 KLF2-202ENST00000592003 564 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 HAUS4-202ENST00000342454 1474 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
CHMP3Q9Y3E7 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 PTCRA-204ENST00000616441 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AC010173.1-201ENST00000549023 1453 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ZNF302-215ENST00000627982 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 LRRC26-201ENST00000371542 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 CAV3-201ENST00000343849 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 TMEM191C-212ENST00000536718 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CHMP3Q9Y3E7 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.3 ms