Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 ST3GAL3-239ENST00000545417 1667 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
USP28Q96RU2 RHOA-202ENST00000418115 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 GLT8D1-213ENST00000491606 1577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 BEST4-201ENST00000372207 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 UGDH-206ENST00000507089 1712 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 DISC1-202ENST00000317586 2636 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 GPR35-201ENST00000319838 2249 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 TAF5L-201ENST00000258281 3112 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 FBXO27-201ENST00000292853 2330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ACBD4-203ENST00000398322 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 IL17RC-202ENST00000383812 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 IL17RC-203ENST00000403601 2388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 PFKFB3-202ENST00000360521 1964 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 C3orf33-201ENST00000340171 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 SYT5-202ENST00000537500 2612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 EIF2B1-204ENST00000537073 1768 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 CNEP1R1-203ENST00000458059 2965 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 GABRD-201ENST00000378585 1961 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 IRGQ-205ENST00000602269 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC23.03■■□□□ 1.28
USP28Q96RU2 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.9 ms