Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 MKRN1-208ENST00000474576 1661 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 LINC00304-201ENST00000321214 2243 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 TAF7-201ENST00000313368 2334 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 SCRN2-201ENST00000290216 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 FAM189B-201ENST00000350210 2379 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 PTPN11-202ENST00000392597 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 LINC01558-202ENST00000495520 1652 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HPS3Q969F9 ARHGAP11A-205ENST00000563864 2279 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HPS3Q969F9 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HPS3Q969F9 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HPS3Q969F9 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
HPS3Q969F9 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HPS3Q969F9 IL11RA-201ENST00000318041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HPS3Q969F9 GLT8D1-206ENST00000478968 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms