Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 AC008750.8-201ENST00000600067 551 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 MATK-215ENST00000619596 1740 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 MSANTD1-203ENST00000507492 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 GSDMD-212ENST00000533063 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 CPNE9-202ENST00000383831 1751 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 PKMYT1-204ENST00000440027 2061 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 AC020907.5-201ENST00000624372 1936 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 SH2B1-202ENST00000337120 6043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 INTS12-206ENST00000451321 1975 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 GUCY1A3-210ENST00000513574 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 CEBPA-201ENST00000498907 2631 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 CYP2A6-201ENST00000301141 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SKA3Q8IX90 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms