Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 HRASLS5-205ENST00000539221 1167 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 AC004816.2-201ENST00000622856 284 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 SETD7-202ENST00000404104 1590 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TMEM223-201ENST00000307366 1288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 GPR20-201ENST00000377741 1515 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TMEM234-203ENST00000373593 1411 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 ATP5G1P1-201ENST00000448724 379 ntBASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 LINC01786-202ENST00000453732 389 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 BAALC-AS1-207ENST00000522856 594 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 C2orf69P3-201ENST00000565542 1120 ntBASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 NTMT1-210ENST00000613644 1501 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 MCEMP1-201ENST00000333598 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 DYNLT3-203ENST00000432389 719 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 Z98884.1-201ENST00000451646 830 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 ASPHD1-203ENST00000483405 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 RNASEK-202ENST00000548577 810 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 KDELR3-201ENST00000216014 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 ATPAF2-206ENST00000474627 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 AC073343.2-203ENST00000366167 564 ntTSL 4 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 MESTP1-201ENST00000404287 994 ntBASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 EGLN1P1-201ENST00000531623 762 ntBASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TRIM74-201ENST00000285805 1350 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 NCF1-201ENST00000289473 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 TRIM73-201ENST00000323819 1358 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
NPHP3Q7Z494 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 TSPY14P-201ENST00000303979 915 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 AC022616.7-201ENST00000525383 220 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 AC026271.3-201ENST00000571884 352 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 GRAMD4P8-201ENST00000605465 1115 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 AL031985.4-201ENST00000642138 673 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 TMEM91-203ENST00000392002 1389 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 INSIG1-202ENST00000342407 1127 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
NPHP3Q7Z494 MFSD4A-206ENST00000489709 1136 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.2 ms