Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CTCFP49711 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CTCFP49711 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CTCFP49711 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 GGCT-202ENST00000275428 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 CATIP-AS1-202ENST00000441749 480 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 TYROBP-205ENST00000585901 620 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CTCFP49711 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CTCFP49711 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CTCFP49711 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CTCFP49711 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CTCFP49711 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CTCFP49711 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CTCFP49711 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 TXNDC12-205ENST00000610127 806 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CTCFP49711 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AL050404.1-201ENST00000424566 802 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CTCFP49711 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 INS-201ENST00000250971 503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AC079385.1-201ENST00000551505 570 ntTSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CTCFP49711 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AC098864.1-204ENST00000513752 805 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 AP005242.2-201ENST00000580065 1175 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 CR769767.2-201ENST00000622735 460 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CTCFP49711 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms