Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 GPR6-201ENST00000275169 1089 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 ZNF584-202ENST00000322834 1042 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TSPY1-201ENST00000423647 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 IZUMO2-201ENST00000293405 728 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TMEM53-201ENST00000372235 890 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 OOEP-AS1-201ENST00000445350 463 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 METTL21A-201ENST00000272839 1210 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 NPM3-201ENST00000370110 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 AL445645.1-201ENST00000451318 1019 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 CD8B-203ENST00000390655 1417 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 MED25-212ENST00000618715 1467 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 EXOC3L2-201ENST00000252482 1230 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 RHEBL1-201ENST00000301068 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 KRT16P1-201ENST00000399124 1418 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
CCDC9Q9Y3X0 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.7 ms