Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 LBX2-AS1-202ENST00000603175 2083 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 TINAGL1-211ENST00000537531 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 DMPK-203ENST00000354227 1982 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 HSD3B7-202ENST00000297679 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 FICD-201ENST00000361549 1816 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 ST7-OT4-201ENST00000397750 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 MSLN-201ENST00000382862 2116 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 MTFR1L-203ENST00000374303 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AL691432.2-201ENST00000607222 2038 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 BX119927.1-201ENST00000636596 1552 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 HYLS1-203ENST00000526028 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 KCNH2-201ENST00000262186 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 DALRD3-205ENST00000440857 2014 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 RGS11-204ENST00000397770 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC1-202ENST00000376980 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 PHF20L1-214ENST00000485595 1810 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 DYNLT3-201ENST00000378578 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 DOK2-201ENST00000276420 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 NMRAL1-213ENST00000574733 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL11-201ENST00000319121 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 PCBP3-203ENST00000400308 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 FFAR3-201ENST00000327809 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 KLF2-201ENST00000248071 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC62-204ENST00000392441 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms