Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ISCA1-203ENST00000375991 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 LSR-214ENST00000621372 2274 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AC112907.3-201ENST00000577781 2400 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 FAM239A-202ENST00000438107 2155 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AC138356.1-201ENST00000330539 2086 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 CPNE7-201ENST00000268720 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 EVL-202ENST00000402714 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 CNIH3-201ENST00000272133 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
BRPF3Q9ULD4 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.9 ms