Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 NDRG2-242ENST00000555158 2216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 CXCR3-202ENST00000373693 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
PCIF1Q9H4Z3 ACHE-207ENST00000428317 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 EBF4-202ENST00000380648 2910 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 GPAA1-201ENST00000355091 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 ARSE-205ENST00000540563 1990 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 DPP3P2-201ENST00000416030 1696 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL4-204ENST00000444328 1812 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AVPR2-202ENST00000358927 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 ODC1-202ENST00000405333 1943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 POLD2-202ENST00000406581 2158 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AC005224.2-201ENST00000571192 1885 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 VRK2-207ENST00000440705 1676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 LRIG1-201ENST00000273261 5273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 MORN1-202ENST00000378529 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 MAP2K5-203ENST00000354498 1783 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PCIF1Q9H4Z3 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms