Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 SETD6-201ENST00000219315 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 MAZ-214ENST00000568544 1464 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
NUP88Q99567 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC23.64■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 IRF3-221ENST00000598808 1468 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 UBE2L6-202ENST00000340573 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 UXS1-203ENST00000409501 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 ETV7-205ENST00000538992 1434 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 NDUFB1-201ENST00000329559 528 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
NUP88Q99567 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms