Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SUMO3-201ENST00000332859 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 ULK2-201ENST00000361658 3908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 NHLH2-201ENST00000320238 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
RPUSD4Q96CM3 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SOWAHC-201ENST00000356454 4657 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 LARGE2-201ENST00000325468 2522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AL158211.5-201ENST00000623583 2518 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PCDHGB3-202ENST00000618934 2445 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ACOT4-201ENST00000326303 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CLN8-208ENST00000635751 1807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ADORA2A-201ENST00000337539 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 FOLH1-203ENST00000343844 2258 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 MYC-201ENST00000259523 2042 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TBX21-201ENST00000177694 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TCF3P1-201ENST00000423021 1937 ntBASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 SCARF1-202ENST00000348987 2619 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ECHDC1-214ENST00000474289 2443 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PLPPR2-208ENST00000591608 2552 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TINAGL1-201ENST00000271064 2187 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 YTHDC2-207ENST00000515883 2629 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
RPUSD4Q96CM3 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.7 ms