Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 EXOSC4-202ENST00000525936 606 ntTSL 3 BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC30.69■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 FAM129C-207ENST00000599124 1918 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC30.68■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.68■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC30.68■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC30.67■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 TK2-213ENST00000563369 882 ntTSL 5 BASIC30.67■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.67■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC30.67■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 BACE1-209ENST00000513780 1465 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 ANG-201ENST00000336811 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.66■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AL445228.2-201ENST00000605589 952 ntBASIC30.66■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC30.66■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.66■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 WDR25-201ENST00000335290 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC30.65■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC30.65■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 THEM4-205ENST00000489410 643 ntTSL 2 BASIC30.65■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC30.65■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 PAIP2-208ENST00000511706 468 ntTSL 5 BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 CBLN1-202ENST00000536749 718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 MMP25-AS1-204ENST00000572574 794 ntTSL 5 BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 AC124283.5-201ENST00000624661 1809 ntBASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC30.64■■■□□ 2.5
TCOF1Q13428 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC30.64■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 SOCS2-210ENST00000551556 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 TNFRSF25-203ENST00000351959 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 B3GAT3-205ENST00000534026 1120 ntTSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AC091551.1-201ENST00000590722 1228 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 SELENOF-203ENST00000401030 727 ntTSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 KRASP1-201ENST00000407852 552 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AC005943.1-201ENST00000585937 1002 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 NCBP2-AS2-201ENST00000602845 918 ntAPPRIS P1 BASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 AC233702.5-201ENST00000584107 538 ntBASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
TCOF1Q13428 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC30.62■■■□□ 2.49
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