Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 FAM83A-205ENST00000522648 1604 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 SH3BGRL3-201ENST00000270792 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 OSR2-202ENST00000435298 1736 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
COL6A1P12109 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 CIRBP-217ENST00000588230 1013 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 NBPF14-202ENST00000593495 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ODF3L2-202ENST00000382696 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ID1-202ENST00000376112 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 MGARP-201ENST00000398955 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 KSR1P1-201ENST00000446298 240 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 AL136307.1-201ENST00000454882 411 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 AL121906.2-201ENST00000621597 723 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 SNX11-203ENST00000452859 1601 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 SUN1-220ENST00000457378 1309 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 HSCB-201ENST00000216027 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 VSIG2-202ENST00000403470 1191 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ATP5S-204ENST00000426751 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 TESC-AS1-201ENST00000547006 1053 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 SLC39A2-203ENST00000554422 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 AP005263.1-201ENST00000579126 914 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 GUK1-204ENST00000366721 689 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 NIFKP9-201ENST00000419265 221 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 TAPBP-236ENST00000456592 817 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 GPR78-201ENST00000382487 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 DCAKD-208ENST00000614054 2054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
COL6A1P12109 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.5 ms