Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 ZNF467-202ENST00000484747 913 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 TGIF1-222ENST00000577543 729 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AC004264.1-201ENST00000608354 794 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AC006011.2-201ENST00000621313 1158 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 P2RX3-204ENST00000616487 1346 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 CDKN1C-203ENST00000430149 1570 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 BIK-201ENST00000216115 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AC069185.1-201ENST00000531395 811 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 RPS27A-211ENST00000639844 606 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 HES2-203ENST00000377837 1222 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 CENPX-206ENST00000580435 710 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 SMAD7-207ENST00000589634 1278 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 KRT19-201ENST00000361566 1390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 EPN2-212ENST00000575595 1491 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 DNAL4-201ENST00000216068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AC110769.1-201ENST00000420161 815 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 PNN-205ENST00000556530 601 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 YBEY-205ENST00000397694 534 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 KRT18P56-201ENST00000507275 550 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 PRR29-205ENST00000579184 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 RFC2-202ENST00000352131 1576 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 ST8SIA1-202ENST00000381424 1036 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AC103855.2-201ENST00000533315 573 ntTSL 4 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 AC004803.1-203ENST00000539259 501 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 MTFP1-206ENST00000629597 482 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
CCDC9Q9Y3X0 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 AL731557.1-201ENST00000425264 744 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 PRKCB-209ENST00000498058 480 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 KRT126P-201ENST00000549467 1181 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC27.01■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 APIP-201ENST00000395787 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 HBA1-201ENST00000320868 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 IMMP2L-207ENST00000452895 833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 CAPN5-206ENST00000531028 534 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 AL031600.3-201ENST00000566287 1124 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
CCDC9Q9Y3X0 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 188.9 ms