Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 AC007383.3-201ENST00000453039 1411 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
CCDC87Q9NVE4 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 FBXL12-205ENST00000586651 1736 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 GPSM1-203ENST00000392944 1111 ntTSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AF131216.3-201ENST00000525867 1099 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MRPL4-204ENST00000588502 827 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MPV17L2-204ENST00000599612 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 SULT1A1-202ENST00000350842 1282 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AL355355.2-201ENST00000442321 338 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ELAC1-203ENST00000588577 694 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 LRRC25-202ENST00000595840 1924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 GAMT-201ENST00000252288 1121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 CD247-202ENST00000392122 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AL353807.1-201ENST00000427475 662 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 TNFRSF12A-206ENST00000575124 1133 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 SMAGP-204ENST00000603838 816 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 HAUS4-204ENST00000490506 1447 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 DTWD1-202ENST00000403028 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
CCDC87Q9NVE4 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.72
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms