Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 OTUB1-203ENST00000428192 1296 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
HOXD3P31249 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HOXD3P31249 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.9 ms