Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 SPATA22-210ENST00000573128 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 DOK1-201ENST00000233668 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG1P18858 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 GYG1-202ENST00000345003 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 ARHGAP22-204ENST00000417247 2340 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 ENOSF1-201ENST00000251101 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 DLEU7-201ENST00000400393 2092 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG1P18858 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 DMPK-205ENST00000458663 2548 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 RAB11FIP4-201ENST00000394744 1968 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG1P18858 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 GORAB-201ENST00000367762 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 PRSS33-204ENST00000576886 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 MORF4L2-AS1-201ENST00000435306 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 HDDC3-202ENST00000394272 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG1P18858 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG1P18858 FGF14-IT1-202ENST00000607251 2123 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 NBL1-209ENST00000548815 1953 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG1P18858 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.4 ms