Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
VPS28Q9UK41 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 IGFLR1-201ENST00000246532 1645 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 TSSC4-203ENST00000380996 1544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 FUZ-216ENST00000533418 1524 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS28Q9UK41 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms