Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SLC25A46-202ENST00000447245 1575 ntTSL 2 BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 RNH1-206ENST00000438658 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MFSD10-206ENST00000508221 1639 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 P2RY11-201ENST00000321826 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 RNH1-202ENST00000356187 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ETV7-203ENST00000373737 1488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 FAM76A-205ENST00000419687 1661 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 ADRA1A-203ENST00000380572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 TACC3-213ENST00000617535 1693 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MGAT1-204ENST00000427865 1919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 MOK-233ENST00000524214 1539 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 H19-201ENST00000411754 1788 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
LHX3Q9UBR4 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms