Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS53Q5VIR6 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 GCH1-205ENST00000536224 1805 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 DTX3-208ENST00000551632 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 TAF6L-201ENST00000294168 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 AC027307.1-201ENST00000590252 457 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 TMCO3-201ENST00000375391 2132 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 TMEM51-201ENST00000376008 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 STARD3-202ENST00000394250 1949 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ZNRF2P2-202ENST00000442865 590 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 FDXR-204ENST00000442102 1967 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS53Q5VIR6 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms