Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 PRRC2B-203ENST00000405995 9157 ntTSL 5 BASIC9.84□□□□□ -0.834e-7■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 AP2M1-216ENST00000472560 910 ntTSL 213.3□□□□□ -0.285e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 AARS-201ENST00000261772 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.63□□□□□ -0.553e-7■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 AP2M1-205ENST00000431779 602 ntTSL 310.49□□□□□ -0.735e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 RAD9A-209ENST00000544620 829 ntTSL 316.93■□□□□ 0.33e-6■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 CPSF7-206ENST00000448745 1749 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.23□□□□□ -1.091e-9■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.454e-7■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.914e-7■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 ANKRD13D-216ENST00000514166 2138 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.334e-7■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 ANKRD13D-201ENST00000308440 2219 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.214e-7■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 STAMBP-206ENST00000432295 1156 ntTSL 515.82■□□□□ 0.124e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 STAMBP-204ENST00000409707 1649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.18□□□□□ -0.464e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 STAMBP-211ENST00000536064 845 ntTSL 5 BASIC10.96□□□□□ -0.654e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 STAMBP-203ENST00000394073 6386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.43□□□□□ -1.064e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 STAMBP-201ENST00000339566 6277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC8.05□□□□□ -1.124e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 STAMBP-202ENST00000394070 6691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.84□□□□□ -1.154e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 PABPC1L-207ENST00000372824 2223 ntTSL 2 BASIC11.33□□□□□ -0.61e-9■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 PABPC1L-205ENST00000372819 2100 ntTSL 2 BASIC10.6□□□□□ -0.711e-9■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 CDK1-206ENST00000487784 598 ntTSL 53.67□□□□□ -1.829e-12■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 AAAS-216ENST00000550033 900 ntTSL 314.8□□□□□ -0.042e-10■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 COASY-214ENST00000591779 994 ntTSL 214.23□□□□□ -0.137e-8■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 HNRNPH1-229ENST00000518548 527 ntTSL 22.57□□□□□ -29e-15■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 LRCH3-210ENST00000461674 537 ntTSL 56.43□□□□□ -1.381e-9■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 LRCH3-216ENST00000481048 536 ntTSL 35.94□□□□□ -1.461e-9■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SGSM3-203ENST00000427834 793 ntTSL 217.38■□□□□ 0.372e-7■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 SGSM3-207ENST00000469719 1029 ntTSL 514.3□□□□□ -0.122e-7■■■■■ 35.5
SF3B4Q15427 RNPEP-212ENST00000492587 780 ntTSL 519.51■□□□□ 0.719e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RNPEP-209ENST00000479726 822 ntTSL 514.57□□□□□ -0.089e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RNPEP-210ENST00000481780 847 ntTSL 510.07□□□□□ -0.89e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RNPEP-211ENST00000487116 851 ntTSL 38.66□□□□□ -1.029e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 TKFC-210ENST00000529479 1781 ntTSL 1 (best)17.54■□□□□ 0.41e-6■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 CD81-204ENST00000468153 940 ntTSL 216.42■□□□□ 0.224e-6■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 TKFC-201ENST00000394900 4696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.62□□□□□ -0.391e-6■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 SHMT2-208ENST00000553868 941 ntTSL 212.81□□□□□ -0.368e-12■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 SHMT2-211ENST00000554310 579 ntTSL 411.89□□□□□ -0.518e-12■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 SHMT2-230ENST00000557427 569 ntTSL 411.16□□□□□ -0.628e-12■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 SHMT2-209ENST00000553949 552 ntTSL 310.98□□□□□ -0.658e-12■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 VPS13D-202ENST00000460333 4910 ntTSL 25.96□□□□□ -1.462e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 NUP85-205ENST00000577561 524 ntTSL 317.68■□□□□ 0.421e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ARFGAP1-206ENST00000518601 905 ntTSL 511.77□□□□□ -0.531e-8■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 HNRNPA1-202ENST00000340913 1842 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.033e-10■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 HNRNPA1-201ENST00000330752 1294 ntTSL 5 BASIC12.54□□□□□ -0.43e-10■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 HNRNPA1-204ENST00000547276 1539 ntTSL 1 (best) BASIC7.37□□□□□ -1.233e-10■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 CCDC136-203ENST00000459946 624 ntAPPRIS ALT2 TSL 321.99■■□□□ 1.112e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 CCDC136-211ENST00000485998 723 ntAPPRIS ALT2 TSL 515.91■□□□□ 0.142e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 HNRNPL-213ENST00000601664 447 ntTSL 1 (best)13.91□□□□□ -0.188e-9■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 LONP2-208ENST00000566755 2514 ntTSL 512.45□□□□□ -0.426e-10■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 LONP2-203ENST00000535754 2580 ntTSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.556e-10■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 LONP2-202ENST00000416006 2056 ntTSL 211.13□□□□□ -0.636e-10■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 LONP2-201ENST00000285737 8199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.49□□□□□ -0.736e-10■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 LONP2-209ENST00000570174 818 ntTSL 55.93□□□□□ -1.466e-10■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.692e-6■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RAD9A-205ENST00000538013 924 ntTSL 517.25■□□□□ 0.352e-6■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 PCBP2-208ENST00000546652 823 ntTSL 510.47□□□□□ -0.734e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RBM5-207ENST00000438369 560 ntTSL 410.93□□□□□ -0.662e-11■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RBM5-208ENST00000441305 569 ntTSL 38.58□□□□□ -1.042e-11■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RBM5-205ENST00000433556 567 ntTSL 47.13□□□□□ -1.272e-11■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RBM5-204ENST00000417905 427 ntTSL 54.96□□□□□ -1.622e-11■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 HNRNPA3-203ENST00000432457 643 ntTSL 38.87□□□□□ -0.992e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.062e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ATP5A1-205ENST00000586592 2214 ntTSL 221.6■■□□□ 1.052e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ATP5A1-211ENST00000590156 1931 ntTSL 212.9□□□□□ -0.352e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ATP5A1-215ENST00000590665 1793 ntTSL 2 BASIC12.3□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ATP5A1-201ENST00000282050 1945 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.13□□□□□ -0.472e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ATP5A1-202ENST00000398752 5818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.59□□□□□ -0.872e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.145e-24■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RPS12-202ENST00000484616 639 ntTSL 23.53□□□□□ -1.845e-24■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 HNRNPH1-243ENST00000522958 580 ntTSL 212.27□□□□□ -0.453e-18■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RECQL5-219ENST00000585205 519 ntTSL 29.65□□□□□ -0.862e-10■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.084e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.014e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ARHGEF1-202ENST00000347545 3091 ntTSL 1 (best) BASIC13.82□□□□□ -0.24e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ARHGEF1-201ENST00000337665 3171 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.27□□□□□ -0.294e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ARHGEF1-203ENST00000354532 3243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.344e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 ARHGEF1-220ENST00000600274 3439 ntTSL 1 (best)10.88□□□□□ -0.674e-7■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 RHBDF1-209ENST00000486045 914 ntTSL 216.64■□□□□ 0.252e-6■■■■■ 35.4
SF3B4Q15427 GIGYF1-204ENST00000472105 500 ntTSL 317.2■□□□□ 0.341e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ANXA5-205ENST00000509648 1083 ntTSL 23.58□□□□□ -1.841e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ESS2-202ENST00000434568 1808 ntTSL 517.81■□□□□ 0.444e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ESS2-204ENST00000472073 2101 ntTSL 517.62■□□□□ 0.414e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ESS2-201ENST00000252137 5392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.234e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 LARP1-209ENST00000519194 529 ntTSL 26.03□□□□□ -1.444e-10■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 TACC3-208ENST00000484264 551 ntTSL 213.47□□□□□ -0.252e-27■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 C1orf159-206ENST00000427787 575 ntTSL 515.56■□□□□ 0.086e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 ATP2A2-202ENST00000313432 5575 ntTSL 1 (best)7.97□□□□□ -1.131e-9■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 UBE2J2-207ENST00000435198 1056 ntTSL 323.97■■□□□ 1.435e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.035e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 UBE2J2-210ENST00000464036 1256 ntTSL 321.24■□□□□ 0.995e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 UBE2J2-208ENST00000450390 2455 ntTSL 520.6■□□□□ 0.895e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC19.94■□□□□ 0.785e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.75■□□□□ 0.755e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 UBE2J2-214ENST00000473215 1028 ntTSL 319.51■□□□□ 0.715e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 UBE2J2-220ENST00000509720 472 ntTSL 317.32■□□□□ 0.365e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.215e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.125e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 DIP2A-203ENST00000435722 2760 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.537e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.347e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.297e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 DIP2A-212ENST00000494435 2063 ntTSL 212.09□□□□□ -0.477e-7■■■■■ 35.3
SF3B4Q15427 GDPD5-217ENST00000534322 527 ntTSL 37.76□□□□□ -1.178e-8■■■■■ 35.3
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