Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AC145285.6-201ENST00000604632 637 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 B3GALNT1-212ENST00000488170 1660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 NBPF21P-201ENST00000425093 1451 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 LINC00894-209ENST00000458274 547 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 LIME1-205ENST00000480139 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 SMIM20-201ENST00000506197 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 MRGPRG-201ENST00000332314 870 ntAPPRIS P1 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL18A1P39060 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 ETFA-202ENST00000433983 1346 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 MMP23A-201ENST00000234610 1017 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 LEF1-AS1-203ENST00000507799 459 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 DPYSL5-202ENST00000401478 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 KRT18-202ENST00000388837 1420 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 AC016737.2-201ENST00000609273 358 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 PTBP1P-201ENST00000554374 1601 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 NECAB3-201ENST00000246190 1989 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 BTBD1-202ENST00000379403 1467 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 UNC5B-AS1-201ENST00000447119 647 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 COMMD7-202ENST00000446419 1343 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 AC073343.2-202ENST00000430844 532 ntTSL 4 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 AC035140.1-201ENST00000507957 493 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 SLC52A2-205ENST00000526752 710 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 STK25-205ENST00000405883 1904 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL18A1P39060 ATF5-202ENST00000595125 1637 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms