Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 LINC00511-201ENST00000453722 1716 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AKR1A1-201ENST00000351829 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 TPPP3-202ENST00000393957 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 DHRS4-206ENST00000558581 1143 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 WWOX-216ENST00000569818 525 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 ST20-MTHFS-203ENST00000615374 679 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 B4GALT1-202ENST00000535206 1535 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
CCDC9Q9Y3X0 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 CENPS-CORT-202ENST00000465026 494 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 CENPS-CORT-203ENST00000470413 626 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 UBE2C-206ENST00000405520 641 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 UBE2C-208ENST00000617055 705 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 ABHD11-207ENST00000458339 890 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 TNFSF13-208ENST00000483039 959 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AP002982.1-201ENST00000492365 877 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 UPK3BP1-201ENST00000428678 509 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-204ENST00000411793 1362 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 DCAKD-205ENST00000588499 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AC016582.3-201ENST00000589653 561 ntTSL 4 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 HAGLROS-201ENST00000426615 1121 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 F2R-202ENST00000505600 442 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 SIVA1-207ENST00000556195 674 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
CCDC9Q9Y3X0 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms