Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 CCDC107-206ENST00000426546 1242 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 PNMA6B-201ENST00000538162 1200 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
TRERF1Q96PN7 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC008687.4-201ENST00000637680 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 TMPRSS5-202ENST00000536856 1811 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 DPP10-203ENST00000393147 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
TRERF1Q96PN7 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms